우리나라 국립 최고학부에 관한 가장 오래 된 기록은 고구려 소수림왕 2년(서기 372년)으로 거슬러 올라간다. 삼국사기에 의하면 이 해 수도에 태학을 설립해서 자제들을 교육하기 시작한 것으로 되어 있다. 왕조시대 유일한 국립대학이었던 본교의 역사는 바로 이 고구려의 태학과 맥락을 같이 하고 있다. 그러나 본교에서는 건학원년을 서기 1398년으로 잡고 있다. 그 이유는 성균관이라는 교명과 현 학교 위치를 고려해서이다. 즉 조선조 개국후 태조 이성계는 한양에 도읍을 정하고 중앙의 국립최고학부의 개설을 서둘러 동북방 숭교방(현 명륜캠퍼스 위치)에 성균관을 설립했으니, 이가 바로 본 대학교의 개교다.

유교를 건국이념으로 해서 국립 최고학부로 설립된 본 대학교는 역사의 변천에 따라 크게 고전대학시대와 근대대학시대로 나눌 수 있다. 그 중에 고전대학시대는1398년에서 1894년까지를 말하며, 그 시대에는 전통적인 유학교육이 행해졌고, 제도적 운영도 고전적이었다. 그리고 근대대학시대는 1895년에서 현재까지를 말하며, 이 시대에는 유교이념에 기본을 두고 학문분야를 확대하여 유학 이외에 근대학문이 요구하는 광범위한 교육이 행해지고 제도적 운영도 근대적인 것으로 전환 발전하여 왔다.

다시 고전대학시대를 다음과 같이 3기로 나눌 수 있다. 제1기는 건학기로 1398년에서 1494년까지, 즉 태조때 성균관의 건립로부터 성종때까지가 이에 해당된다. 그 시기에는 성균관의 건립과 더불어 제도상의 정비, 운영상의 시책이 적극적으로 베풀어져 최고 국립대학의 체제가 완성되었다.

제2기는 정체기로 1495년에서 1724년까지, 즉 연산군 때부터 경종때 까지가 이에 해당한다. 그 시기에는 연산군의 폭정 가운데 하나로 성균관을 한때 유연소로 삼았다가 중종이 즉위하면서 그것을 복구한 한심스러운 일이 있었다. 또 선조때에는 임진왜란으로 성균관이 온통 소실되었다가 선조34년에 문묘가 재건되고 다시 5년 후에는 명륜당이 중건되는 곡절을 겪었다.

제3기는 부흥기로 1725년에서 1894년까지, 즉 영조 때부터 갑오경장 때까지가 이에 해당된다. 이 시기에는 정치적, 문예적 부흥기를 맞아 성균관의 교육도 자못 활기를 띠었고, 또 실학자들에 의하여 교육제도에 대한 개혁론도 활발히 전개되었다.